Jakub Navrátil je rodák z Tábora a odchovanec FK Tábor (dříve VS Tábor). V Táboře prošel kompletně mládeží a hrál i za muže. Už v patnácti letech nastoupil za seniory divizi. V osmnácti si ho vzal trenér Karel Krejčí do dorostu Příbrami, odkud se probojoval do prvního týmu. Svoji prvoligovou premiéru si odbyl proti Plzni 24. 4. 2004 a byl u výhry 2:1. V tuzemsku oblékal kromě Marily Příbram také dresy Viktorie Plzeň a FK Mladá Boleslav. S Viktorií Plzeň má ligový titul, i když jen z poloviny, neboť v zimě 2011 (spolu s Tomášem Radou) odešel do tureckého Sivassporu. Ve městě v severovýchodním cípu Anatolské náhorní plošiny strávil tři a půl roku, pak jeho kroky zamířily podruhé do Mladé Boleslavi.
Do rodného Tábora a tím pádem do FC MAS Táborsko se vrátil na podzim 2015 po ukončení smlouvy ve „městě aut“. Ještě si na půl roku odskočil zkusit třetí italskou do Juve Stabia. Brzy převzal kapitánkou pásku Táborska, kterou nosí dodnes. Svým vzrůstem (193 centimetrů) je Jakub Navrátil v kabině naprosto nepřehlédnutelný, fotbalově i lidsky.
V neděli 28. května 2023 se v zápase F:NL mezi FC Silon Táborsko a FK Viagem Příbram pověsí kopačky na pověstný hřebík.
Přijďte se na zápase rozloučit s legendou, která u táborského fotbalu zůstane v jiné pozici.
